断奶仔猪的胃肠道体积和功能发育不全，胃肠道运动机能微弱，小肠绒毛长度、隐窝深度和绒毛面积仍处于发育阶段，消化吸收功能较差。同时仔猪断奶后，口粮由母猪变成了固体饲料，会造成仔猪小肠绒毛磨损，剧烈萎缩，肠粘膜吸收面积降低，影响对营养物资的吸收，容易导致仔猪消化不良而发生腹泻。
2、胃酸分泌不足
仔猪在哺乳阶段，吃的母乳中有乳糖为胃中乳酸菌提供了重要的营养来源，乳酸菌可以分解乳糖产生乳酸补充胃酸，弥补胃酸分泌不足。但仔猪断奶后由于没有摄入乳汁，导致胃内无法再获得乳糖，造成胃内厌氧菌营养院黏性蛋白数量下降，随之引起乳酸菌数量下降，导致胃内pH值升高，使得消化系统代谢紊乱。
3、消化酶活性低
仔猪断奶后消化道线体发育尚未完全完善，脂肪酶、蛋白酶、淀粉酶等消化酶分泌较少。同时胃底腺不发达，胃酸分泌少，导致胃内pH值过高（pH只≥4）胃蛋白酶原不能完全激活，造成胃蛋白酶活性很低，不能充分消化饲料中的植物蛋白，造成消化不良，破坏小肠绒毛，导致仔猪腹泻。
4、肠道微生物菌落紊乱
仔猪断奶后由于应激和胃内pH值上升，导致有益菌数量减少，改变了仔猪小肠环境，肠道菌落紊乱，导致致病菌吸附在肠绒毛上，分泌毒素侵蚀肠绒毛和肠道表面，破坏肠道的吸收能力，从而导致仔猪腹泻。
5、引起仔猪断奶后腹泻的因素
