1．卫生达标：在不同批的母猪分娩前，分娩舍及设备要求彻底清洗消毒。干净和无菌是分娩管理成功的关键。没有被清空的猪舍是无法彻底清洗消毒的。只有每间猪舍放空和彻底清洗消毒，全进全出系统才有效。而传统的连续式饲养系统是不可能这样做的，否则将会干扰生产。
2．环境稳定：全进全出系统使生产者容易给每批同龄的小猪提供稳定的环境。这一幢或间分娩舍的环境条件最适合新生仔猪，那么另一幢或间分娩舍的环境条件将适合大一些的哺乳仔猪。传统的饲养系统，环境条件不可能满足不同年龄小猪的需要。
3．减少疾病传播：全进全出系统使生产者避免了不同年龄的猪群混养在一起。当不同年龄的猪群分开饲养，猪群交叉感染和暴露给病菌的机会将减少。主要的原因是不同猪群带的病菌不同，全进全出系统将减少猪群暴露给病菌的机会。
